Este manga nos lleva a futuro en el que unas criaturas llamadas Kaiju destruyen cada cierto tiempo las ciudades de Japón. Kafka Hibino y Mina Ashiro son dos amigos de la infancia cuya ciudad fue destruida por una de estas criaturas, por ello, juntos decidirán entrar en el cuerpo de defensa que lucha en primera línea contra estas criaturas.
